Arheološka istraživanja srednjovekovne prošlosti Niša nisu u saglasnosti s njegovim značajem. Ima dosta praznina i u razdobljima za koja postoje pisani izvori, jer ih arheološki materijal ne potvrđuje ili to čini samo delimično. To se može odnositi i na epohu seobe naroda, koja obuhvata period od kraja IV do početka VII veka, mada Rimski limes, kao granica antičkog i varvarskog sveta, postaje ugrožen upadima varvara već od sredine III veka. Zabeleženi su u to vreme prodori u Carstvo, napadima preko Dunava, Germana, odnosno Gota, koji, pustošeći unutrašnjost Balkanskog poluostrva, stižu i do Naisa, gde ih je 269. godine pobedio Klaudije II Gotski (268–270). Nakon relativno stabilnog mira, koji je usledio u balkanskim provincijama Rimskog carstva, zahvaljujući reformama Dioklecijana (284–305) i Konstantina I (306–337), pred kraj IV veka dolazi do povećanog varvarskog pritiska na odbrambeni Limes, što je dovelo do napuštanja nekih pozicija na levoj obali Dunava. To je vreme velikih migracija, kada Huni kreću na zapad, prolazeći kroz “Vrata naroda” između Crnog i Kaspijskog mora 375. godine, što se poklapa sa smrću cara Valentinijana I (364–375), i označava kraj jednog i početak drugog istorijskog razdoblja, označenog kao Velika seoba naroda, koje se od kasnoantičke i ranovizantijske epohe, ni u istorijskom ni u kulturnom smislu, ne može strogo izdvojiti. Prolazeći kroz ruske stepe, Huni pokreću Alane i Gote, što je izazvalo velike pometnje, pustošenja i razaranja, najbolje opisane u pismu svetog Jeronima Heliodoru iz 396. godine: Već dvadeset i više godina da između Carigrada i Julijskih alpa dnevno teče rimska krv, a Got, Sarmat, Kvad, Alan, Hun, Vandal, Markoman pustoši, pleni i uništava Skitiju, Trakiju, Makedoniju, Dardaniju i obe Panonije…
Kretanja praćena razaranjima krajem IV i početkom V veka nisu mimoišla ni prostor Naisa, kada je mogao biti razrušen značajan deo neutvrđenog naselja na Medijani, odakle potiče, kao nalaz iz kasnoantičkog sloja, manja bronzana lučna fibula sa širokom romboidnom stopom i polukružnom pločastom glavom. Taj tip fibula, kao arheološki materijal prvog talasa seobe naroda, vezuje se za nosioce kulture Černjahov – Sintana di Mureš, rasprostranjene u Ukrajini, Moldaviji i Rumuniji, čiji je najjužniji nalaz na tlu Srbije. Fibula je dospela na ove prostore najverovatnije migracijom nosilaca pomenute kulture, locirane na Donjem Podunavlju i severnoj obali Crnog mora. U njenoj etničkoj strukturi dominantnu ulogu imaju Goti, ali ne kao jedini, jer kultura počiva i na drugim etničkim elementima, uz primarni autohtoni, dako-getski etnički element. Pod pritiskom varvara iz ukrajinskih stepa, car Aurelijan (270–275) je bio prinuđen da napusti prekodunavsku Dakiju, što se delom poklapa sa širenjem kulture Černjahov – Sintana di Mureš, koja će trajati do odlaska Vizigota na zapad 406. godine, ali zadržavajući se u određenim tragovima i u prvoj polovini V veka u podunavskim provincijama Carstva.
Već početkom V veka, kada su Zapadni Goti pod Alarihom napustili Balkansko poluostrvo i prešli u Italiju, novu varvarsku opasnost predstavljali su Huni. U Atilinom pohodu 441. godine Nais je doživeo ogromna razaranja. Kod Priska, poznatog vizantijskog diplomate, nalazi se opis stanja koje je zatekao prilikom prolaska kroz Nais 448. godine: Kad smo stigli do Niša, nađosmo grad sasvim opusteo pošto je do temelja bio porušen od neprijatelja (Huna)… Prisustvo Huna posle 441. godine uglavnom se ogleda u ruševinskim slojevima, kakav bi mogao da bude sloj rušenja jedne kasnoantičke građevine na Trgu JNA u Nišu. Iznad tog sloja, u jednom grobu, koji se može povezati s manjom nekropolom u Ulici S. Paunovića, pronađen je par manjih srebrnih poliedarskih naušnica, kakve se u inventaru varvarizovane kasnoantičke produkcije vezuju za različita germanska plemena, poput Gota, Gepida, Langobarda. Pojava takvih naušnica, u formi deblje karike sa primaknutim krajevima i poliedarskom glavom, vezuje se za prodor germanskih plemena, pre svega Ostrogota, u Panoniju i na Balkan. Sasvim su izuzetne u kulturi Sintana di Mureš, a u razvijenijem obliku takve naušnice postaće odlika ostrogotske nošnje i načina oblačenja.
Iz hunskog plemenskog saveza, posle Atiline smrti 453. godine i pobede antihunske koalicije 454. godine, pored Gepida, kao najorganizovaniji izašli su Istočni Goti, koji su 488. godine, pod Teodorihom iz Trakije, otišli u Italiju. Iako su u drugoj polovini V veka, krećući se po Balkanskom poluostrvu, boravili i u Naisu, gde su imali i manju vojnu posadu, arheološki potvrđenih tragova njihovog prisustva je vrlo malo. Njima omiljenom polihromnom stilu pripada jedan zlatan prsten, verovatno deo grobnog inventara. Prsten je pronađen kod nekadašnje vojne kasarne u Nišu i otkupom je dospeo u Narodni muzej u Beogradu. Po ugledu na prstenje tog stila (koji karakteriše ukrasna glava sastavljena od više ćelija, kaseta za poludragi kamen ili pastu), urađen je i ovaj prsten, čiju ukrasnu glavu (što donekle podseća na prstenje s glavom rađenom u tzv. kluazon tehnici) čine dve veće i dve manje krstasto raspoređene kasete za kamen ili neki drugi uložak koji nedostaje. Alka prstena segmentno je obrađena, s poslednjim člancima koji se račvaju i završavaju u vidu volute, tako da podsećaju na fibule oblika cikade. Polihromni stil je podrazumevao kombinaciju različitih materijala, boja, oblika i ukrasa za svaki pojedinačni predmet koji je izrađivan u pontskim antičkim radionicama “po ukusu varvara”. Iz zlatarskih radionica s obala Crnog mora, iz Gruzije i južne Rusije polihromni stil raširio se na zapad i zahvatio čitav antički svet posredstvom varvarskih plemena, pre svega Istočnih Gota, koji su od kraja IV veka prodirali u Podunavlje. Viši slojevi istočnogotskih zajednica, koji su se u statusu federata naseljavali po gradovima Carstva, posedovali su takav nakit, ali je teško bez pouzdanih uslova nalaza tačno odrediti njihovu etničku pripadnost.
Srebrna narukvica otvorenog tipa sa blago zadebljanim i neukrašenim krajevima, grobni nalaz iz Jagodin-male u Nišu, pripada dobro poznatom tipu ženskog nakita omiljenom među Germanima u vremenu od V do VII veka, a posebno široko rasprostranjenom u VI veku kako kod nas tako i u mnogim evropskim zemljama.
Do obnove Limesa i fortifikacionog sistema u unutrašnjosti Balkanskog poluostrva, nakon hunskog razaranja, dolazi u vreme Justinijana I (527–565), pred opasnošću od upada Kutrigura i Slovena na teritoriju Carstva. Među varvarskim plemenima što sredinom VI veka prelaze Dunav, uz Slovene, pominju se i Avari, koji 559. godine pokoravaju Kutrigure, 567. godine zaposedaju Panonsku niziju, a zauzimanjem Sirmijuma 582. godine započinju razaranja severnih delova vizantijskog Ilirika. To je kao posledicu imalo prodiranje podunavskih Slovena sve do Grčke. Avari su razorili podunavski Limes između 593. i 596. godine, a to je potom omogućilo dolazak Slovena i njihovu kolonizaciju Balkanskog poluostrva početkom VII veka. Time se praktično završila Seoba naroda, koja okvirno obuhvata period od doseljavanja varvarskih (istočnogermanskih i iranskih) plemena pred kraj IV veka, a završava učvršćivanjem Slovena i Bugara tokom VII veka, bar kada je reč o nekadašnjim rimskim balkanskim provincijama južno od Save i Dunava.
Iz ranovizantijskog, završnog perioda Seobe naroda potiče zlatna naušnica iz Naisa, grobni nalaz koji je otkupom dospeo u Narodni muzej u Beogradu. Radi se o naušnici koja na izduženoj alci ima fiksiran privezak kruškolikog oblika, ukrašen granulama koje formiraju romboidne i piramidalne motive. Alka je oštećena, ali je verovatno imala otvorene i primaknute krajeve. U ranovizantijskom periodu razvio se veliki broj tipova i varijanti naušnica s fiksiranim priveskom, pod vizantijskim i vizantijskopontskim uticajem, koji se ogleda kroz upotrebu dekorativnih motiva u vidu trougaonih i romboidnih polja sastavljenih od nizova granula. Naušnica iz niške grobnice, luksuzan proizvod precizne izrade, svakako je rad vizantijskih zlatara, u varvarskoj, najverovatnije avarskoj upotrebi. Nastala je tokom VI ili početkom VII veka, imajući u vidu to da su Avari već 614–615. godine osvojili i razorili sve gradove u severnom Iliriku.
Početkom VII veka udružene snage Avara i Slovena preplavile su balkanske zemlje, što je dovelo do sloma vizantijskog vojnog i upravnog sistema na najvećem delu osvojenih teritorija i početka trajnog naseljavanja Slovena na severnom području Balkanskog poluostrva. Ratovi Vizantije i Persije za vreme Foke (602–610) učinili su da utvrđenja na Limesu opuste, da dunavska granica ostane bez zaštite, zbog čega se stanovništvo podunavskih gradova i gradsko stanovništvo Serdike, Filipopolja, Naisa sklanja u utvrđeni Solun. Vizantija je uspela da zadrži vlast u velikim gradovima severnog Ilirika i Trakije, ali do 615. godine, kada su ih Avari konačno razorili. Najezdom Avara i Slovena došlo je do konačnog pada romejskog Naisa 614. godine, što se ogleda i u prestanku opticaja novca za vreme Iraklija (610–641).
Svi izloženi nalazi iz Niša urađeni su na način omiljen kod varvarskih, posebno germanskih plemena. To naročito važi za fibulu sa Medijane, uz načelnu napomenu da se, kada tačan kontekst nalaza nije poznat, etnička atribucija mora sprovesti veoma oprezno, ako je uopšte moguća.
Za period VII i VIII veka nema pisanih svedočanstava, tako da se o doseljavanju Slovena u niški kraj i njihovom razvoju ne može reći ništa više od onoga što nam pružaju malobrojni vizantijski izvori, koji se uglavnom odnose na podatke vezane za ratna zbivanja i pohode. Iako je verovatno da se već kroz VII vek na ruševinama antičkog grada počinju da javljaju i prva slovenska naselja, za to, kao i za duži period nakon slovenskog zauzeća grada, još uvek nema pouzdanih arheoloških dokaza. Stoga je težište ovom prilikom s razlogom stavljeno na period od XI veka, to jest na XII vek, kada je oblast Niša u vreme velikog župana i najpoznatijeg srpskog vladara XII veka Stefana Nemanje (1166–1196) u sastavu srpske države: … priloži zemlji otačastva svojega oblast niševsku do kraja… Niš je bio izuzetno važna tačka na putu kroz Moravsko-vardarsku dolinu, kako za Srbiju tako i za Vizantiju, koja je u Nišu imala važno uporište od doba Aleksija I Komnina (1081–1118), kada je vojno-upravnom reformom stvorena tema Niš s duksom na čelu. Kada je Nemanja preuzeo vrhovnu vlast u Srbiji, na vizantijskom prestolu nalazio se Manojlo I Komnin (1143–1180), a u doba njegove vladavine epoha Komnina dostigla je najveći uspon. Car Manojlo često je boravio u Nišu i prilikom jednog od ratnih pohoda u oblasti Niša došlo je do susreta dvojice vladara: …bogoljubivi car Manojlo… približiv se niševskoj strani, želeći ga videti, posla po nj da dođe na viđenje… i zadiviv se mudrosti junoše odlikova ga carskim dostojanstvom… Srbija je u vreme vladavine cara Manojla I Komnina istupala dobronamerno, “pored suprotnih osećanja u dubini duše”, i nastojala da ne remeti ugovorene vazalske odnose, ali je ipak koristila svaku povoljnu priliku za dalju borbu protiv Vizantije. Tako je Nemanja pokušao da ostvari savezništvo s nemačkim carem Fridrihom I Barbarosom kada je u Zapadnoj Evropi oživela ideja o pokretanju krstaškog rata protiv muslimana na Bliskom istoku. Krstaški pohod je krenuo iz Francuske, Nemačke, Flandrije, kopnenim putem preko Ugarske i balkanskih zemalja prema Carigradu. Nemanja je sa bratom Stracimirom sačekao 1189. godine nemačkog cara u Nišu, jednom od najpoznatijih svojih gradova, koji je nameravao da učini i prestonicom države. Pored bogatih poklona i hrane za vojsku, Nemanja je Barbarosi ponudio vojnu pomoć i vazalski odnos za sve vizantijske oblasti koje je zauzeo i koje je nameravao da osvoji. Niš je bio ne samo vojno uporište, dobro utvrđen grad s velikim brojem građana, razvijenom lokalnom proizvodnjom, koja je podsticala razvoj trgovine, već i značajno crkveno središte od XI veka. To potvrđuje carska povelja Vasilija II (976–1025) iz 1020. godine, gde se među eparhijama Ohridske arhiepiskopije utvrđuje Niška, s najvećim brojem klirika i perika. Sve to govori da je Niš krajem XII veka, u okviru vizantijskog sistema vlasti, u relativno mirnom periodu, dostigao zavidan nivo u razvoju. Arheološki nalazi s “Glasije” i “Sv. Pantelejmona”, dveju gradskih nekropola, koje se izdvajaju od ostalih srednjovekovnih nekropola u Srbiji bogatstvom nađenog materijala, to svakako potvrđuju.
Nekropola “Glasija” otkrivena je na uzvišenju Glasija, jugozapadno od niške Tvrđave, neposredno uz osmogodišnju školu “Vuk Karadžić”. Deo nekropole uništen je izgradnjom školske zgrade 1959. godine, tako da je iskopavanjima 1975. godine istražen samo deo nekropole sa 77 grobova. Reč je o tipičnoj srednjovekovnoj nekropoli na redove, čijim je ukopavanjem oštećena profana kasnoantička građevina. Arheološki materijal s nekropole uglavnom je nakit od bronze, srebra i staklene paste. Među nalazima pažnju zaslužuje par srebrnih naušnica “volinskog” tipa, rađen u tehnici filigrana i granulacije, na kojima je tanka srebrna žica čak deset puta obavijena oko grozdolikog priveska, potom i niske od staklene paste u dužini 1,76–4,70 m, privezak od bronze u obliku krsta sa ležištem za emajl, kao i prsten od srebra sa glavom koju čini fasung od srebrnog lima, uokviren većim granulama, u koji je umetnuta tamnoplava staklena pasta i drugo, uz samo dva čankasta novčića, od kojih je jedan Manojla I Komnina (1143–1180), a drugi Isaka II Anđela (1185–1195).
Lokalitet “Sv. Pantelejmon” nalazi se na desnoj obali Nišave, u neposrednoj blizini crkve podignute 1878. godine i posvećene svetom Pantelejmonu. Reč je o ostacima dva kultna objekta, ranohrišćanskoj bazilici iz IV–V veka i srednjo- vekovnoj crkvi, zadužbini Stefana Nemanje (1166–1196) iz XII veka, sa srednjovekovnom nekropolom iz XII–XIII veka. Stefan Nemanja je mnoge crkve podigao u otačastvu svojemu, kako beleži njegov sin Stefan Nemanjić, srpski veliki župan od 1196. do 1217. godine i kralj od 1217. do 1227. godine, u spisima o životu i delu svetog oca Simeona. Pored Svete Bogorodice i Svetog Nikole kod Kuršumlije, Studenice, Svetog Mihaila u Skoplju, pominje se i Sveti Pantelejmon u Nišu, i to je prvi pisani pomen o toj zadužbini, o kojoj ni pre ni posle Stefana Prvovenčanog nema pouzdanih podataka – … i svetoga i velikog mučenika Pantelejmona u gradu Nišu, i kojemu i hram sazida tu… Nekropola je delimično istražena, to jest istraženo je 149 grobova iz dva nivoa sahranjivanja, tako da je veći broj grobova poremećen mlađim ukopima. Arheološke nalaze uglavnom čini nakit od bronze, srebra, kamena i staklene paste. Među nalazima posebno su vredni pažnje par većih srebrnih naušnica “volinskog” tipa, rađenih u tehnici filigrana i granulacije, zatim ikonica sa predstavom Bogorodice rezane u mineralu steatitskog porekla, kao i prsten od srebra sa ufasovanim kamenom iz grupe granata almandinskog sastava. Zanimljiv je nalaz četrnaest dugmadi iz jednog groba, devet dugmadi od bronze i pet od kosti. Treba istaći i nalaz trinaest krstova, vrlo različitih i po formi i po vrsti materijala u kojem su izrađeni. Reč je o devet krstova u vidu priveska, rezanih u uljanom škriljcu, hidroliskunskoj, odnosno kaolinitskoj glini, ili u vrlo kvalitetnom mineralu steatitu i antigoritu. Četiri krsta su tipa relikvijara, i to dva aversa, jedan revers i jedan ceo krst relikvijar. Jedan avers je sa predstavom Hristovog raspeća, drugi sa predstavom svetitelja bez naznačene signature, jedan revers je s urezanom predstavom svetog Mihaila, dok ceo krst relikvijar ima predstavu Hristovog raspeća i poprsja jevanđelista na aversnoj strani, a predstavu Bogorodice Orante s poprsjima jevanđelista na reversnoj strani. Nalaze prati novac, i to uglavnom vizantijski, čankasti, mada ima i rimskog novca u sekundarnoj upotrebi.
